SI matnli tavsif asosida oqsillarni loyihalashni oʻrgandi

Tadqiqotchilar Pinal — tabiiy tildagi kerakli xususiyatlar tavsifi asosida oqsillarni loyihalaydigan neyron tarmoqni taqdim etdi. Foydalanuvchi kerakli funksiyani belgilaydi, tizim esa keyingi tadqiqotlar uchun aminokislotalar ketma-ketliklarini taklif qiladi. Tadqiqot Nature jurnalida chop etildi.

Odatda oqsillarni loyihalash batafsil topshiriqni talab qiladi: molekulada qaysi elementlar boʻlishi va ular fazoda qanday joylashishi kerakligi koʻrsatiladi. Pinal esa ishni funksiyaning tavsifidan boshlash imkonini beradi va bunday qoʻlda beriladigan sozlamalar hajmini kamaytiradi.

Modelda qariyb 16 mlrd parametr bor va u oqsillarni matnli tavsiflar bilan bogʻlaydigan 1,7 mlrd juftlik asosida oʻqitilgan. U ikki bosqichda ishlaydi: avval boʻlajak oqsil tuzilishi haqida tasavvur hosil qiladi, soʻng unga mos aminokislotalar ketma-ketligini tanlaydi.

Reklama

Mualliflar tizimni toʻrtta vazifada, jumladan, fluoresensiyalanuvchi oqsil va ikkita ferment yaratishda sinab koʻrdi. Har bir toifada kerakli faollikka ega variantlarni olishga muvaffaq boʻlindi. Biroq bundan oldin kompyuter orqali saralash va laboratoriya sinovlari oʻtkazildi.

Masalan, fluoresensiyalanuvchi oqsil uchun tizim 50 mingta variantni taklif qildi. Saralashdan soʻng tadqiqotchilar 29 ta nomzodni sinadi, ulardan faqat bittasida fluoresensiya kuzatildi. Bu natija yondashuvning imkoniyatlarini koʻrsatadi, ammo har bir matnli soʻrov muvaffaqiyatli loyiha bilan yakunlanishini anglatmaydi.

DNK bilan ishlash vositalarida ham oʻzaro aloqaning shunga oʻxshash prinsipi paydo boʻldi. Hugging Face jamoasi va hamkorlari bir vaqtning oʻzida genetik ketma-ketliklar hamda ingliz tilidagi savollarni qayta ishlaydigan Carbon-X modelini taqdim etdi. U, xususan, ketma-ketliklarni tahlil qilish va mutatsiyalar oqibatlarini baholash uchun moʻljallangan.

Carbon-Xʼni mahalliy qurilmada ishga tushirish mumkin, bunda tadqiqot maʼlumotlari oʻz infratuzilmasida saqlanadi. Shu bilan birga, ishlab chiquvchilar model uzun ketma-ketliklarda pozitsiyalarni chalkashtirib yuborishi va kontekst yetishmaganda izohlarni oʻylab topishi mumkinligidan ogohlantirmoqda.

Har ikkala ishlanma ham biologik maʼlumotlar bilan ishlashni soddalashtiradi. Ammo taklif qilingan yechimlarni tekshirish hamon mutaxassislar, qoʻshimcha hisoblash vositalari va yangi oqsillar haqida gap ketganda laboratoriya tajribalarini talab qiladi.